La experiencia en Europa

Al finalizar el año 2000 Martín Palermo fue transferido al Villarreal español. En el Submarino Amarillo alternó buenas con malas actuaciones. Si bien siguió marcando con regularidad no logró brillar y volvió a sufrir una grave lesión tras caerle un pequeño muro en la pierna cuando estaba celebrando un gol con los aficionados, que le demandó otra larga recuperación. Finalmente, al no estar en los planes del entrenador Benito Floro, fue transferido a Betis en agosto de 2003.[2] En el club sevillano jugó muy poco y marcó solamente un gol. A fin de año firmó a préstamo con el Alavés. Allí logró una mayor continuidad y peleó hasta el final del campeonato por un ascenso que no llegó.